Amikor a USS Voyager a Delta Kvadránsban ragadt, Kathryn Janeway kapitánynak mindent át kellett értékelnie, amit a Csillagflotta Akadémián tanult és munkája során tapaztalt. Például, amennyiben csupán egyetlen Föderációs csillaghajó tartózkodik a Galaxis ezen sarkában, akkor hogyan vonatkozhatnak rá ugyanazok a szabályok? Janeway azon veszi észre magát, hogy kapitányként nem biztos a talaj a lába alatt, legénységének fele exMaquis-kból áll, akik korábban ellenségnek számítottak, új pilótája Tom Paris, pedig csak ideiglenesen van szabadlábon. Janeway eleinte arra koncentrál, hogy Chakotayt és a Maquis legénységét kordában, a hajót pedig egy darabban tartsa. 2372-ben Janeway és Chakotay még mindig szemben állnak egymással, egészen addig mig mind a ketten megbetegednek, és azt hiszik, hogy életük hátra lévő részét egy Delta Kvadránsbeli bolygón együtt kell leélniük. Ez megváltoztatja kapcsolatukat és kötelék fejlödik ki köztük. Végül sikerül meggyógyitani őket, egy csapat maradnak a hajóra visszatérésük után is. Amint lenyugodnak a kedélyek a Voyageren, Janeway rájön, hogy sokkal jobban egyedül lesz, mint bárki a hajón. Menedékként szabadidejében holorománc programokat futtat, és a Leonardo daVinci holokarakterrel beszélget. 2376-ban Janeway találkozik egy Michael Sullivan nevű holófedélzeti karakterrel, és néhány személyes kudarc után rájön, hogy készen áll egy románcra, amely első lesz hosszu utazásuk kezdete óta. Talán nem véletlen, hogy ez az után történik, hogy a Voyager kapcsolatba lépett az Alfa Kvadránssal és Janeway megtudja, hogy vőlegénye Mark, megházasodott. Útjuk során Janewaynek meg kell védelmeznie a Csillagflotta protokoljait, de nem csak a korábbi Maqus-któl, hanem még a Csillagflotta legénységétől is, akik úgy látják, hogy ezek a szabályok csak hátráltatják őket az útjukon.Janewaynak újra rá kell döbbennie döntéseinak és saját értékaihez való ragaszkodásának helyességére, amikor a USS Equinox-al való találkozásuk 2375-ben ismét rávilágit a jó és a rossz döntések közötti különbségre.Janeway katonai érdemei közül megemlíthetjük, hogy sikerült elkerülnie a Borg asszimilációt, túlélte a 8472-es fajt, a Kazonokat, A Vaadwaurokat, A Quarranokat és még sokakat. Számára azonban sokkal fontosabb az, hogy otthont adott az ex-Borg Hétkilencednek(Seven of Nine), lehetőséget adott a fejlődésre az OSH-nak, párbeszédbe kezdett a 8472-es fajjal, barátságot kötött a Talaxiaiakkal, megmentette az Éjlényeket (Night Beings) a Malonok toxikus szemetétől, és lehetősége volt jelenteni Paris Admirálisnak, hogy fia Tom Paris életben van és a legénység megbecsült tagja.